Во рамките на споменикот на природата Маркови Кули, Прилеп се засведочени највисоките културно – цивилизациски дострели на просторот на Северна Пелагонија. Минатото човеково присуство на просторот на заштитеното подрачје е евидентирано на повеќе десетици локации, датирани од неолитот (6000 год. пр.е.) па се до доцниот среден век. Тука секако клучно место заземаат остатоците од човечки активности на ридот Маркови Кули, потврдени од доцниот енеолит (2500 – 2100 год. пр.н.е.) до денес. Во времето на антиката на овој простор егзистирале три релативно пространи населби. На ридот Маркови Кули и во неговото подножје е лоцирана претпоставената Керамија, втората населба Колобаиса е лоцирана во подножјето на Златоврв, додека третата се наоѓала кај грамадите на Кукул – Баба.
Локалитетот „Кукул – Баба“ кој се наоѓа на 2,6 дваипол км североисточно од воената касарна во Прилеп. Се наоѓа врз природно дефанзивно предиспонирана локација, во околината на многу впечатливи геоморфолошки формации. Поновите археолошки ископувања покажаа дека покрај претходно евидентираните енеолитски и хеленистички хоризонти на живеење, на истата позиција се наоѓал доцноримски и средновековен населбински комплекс. Тоа е периодот на најинтензивна човечка експлоатација на просторот. Населбинскиот ареал е сосема доволен за сместување воена посада, со цел контрола и обезбедување на двата патни правци кои минуваат во подножјето на ридот. Едниот поминувал од неговата северна страна и водел преку селото Присад кон преминот Дервен, а другиот од јужната страна кон Плетвар. Високите ѕидови од градби сочувани до преку два метри, како и бројниот археолошки материјал, доминантно со цивилен и воен карактер, го издвојуваат овој локалитет како еден од најсериозните пунктови за идни сериозни стручни и научни истражувања и опсервации.
На врвот од ридот Маркови Кули се лоцирани остатоци од населба датирана во класичниот (480 – 323 год. пр.н.е.) и хеленистичкиот период (323 – 30 год. пр.н.е.). Во подножјето, поточно на просторот попознат како Заград, е лоцирана една од локациите кадешто се погребувало населението во текот на овие периоди. Остатоци од човечки активности од овој период се лоцирани на повеќе локации во околината на ридот, а секако меѓу најинтересните се гробниците вклесани во карпа. Тие се откриени на повеќе локации во рамките на заштитеното подрачје.
Најраното споменување на град со име Керемија е кај римскиот историчар Ливиј. Тој истакнува дека во борбите со Македонците, Римјаните во 170 год. пр.н.е го освоиле тоа место. Во делот на фортификацијата на „Маркови Кули“, Прилеп, досега се откривани само сиромашни поединечни наоди датирани во раноримскиот период (27 год. пр.н.е – 284 год. н.е.). Спротиво, во делот на јужните падини и подножјето на ридот се откриени бројни, главно секундарно реупотребени архитектонски елементи од овој период. Меѓу нив се бројните пронајдени бази, цели и фрагментирани столбови, капители, како и делови од фронтони и архитрави од раскошни јавни градби и надгробни споменици. Камените елементи (архитектонски, епиграфски и надгробни споменици) откриени на просторот од денешен Варош, честопати секундарно реупотребени како градежен материјал во црквите и манастирот, укажуваат на постоење на раскошни јавни градби, храмови, хероони и некрополи. Меѓу епиграфските споменици, најбројни се надгробните натписи со текст посветен на покојникот. Од аспект на портретната пластика, несомнено најзначајно место зазема торзото на висок воен заповедник или можеби император. Покрај мермерната пластика, од раноримскиот период потекнуваат и фрагментирана садова и градежна керамика, орудија и монети.
Во доцноримскиот период (284-641), врз ридот и врз западните, јужните и источните падини со подножјето, се развива поголема населба со утврдена акропола, утврдено подградие и отворена населба. На врвот од ридот Маркови Кули, под средновековната фортификација, лежат остатоци од доцноантички бедем засилен со кули. Влезот во тврдината во источниот дел од северната страна е во форма на типична доцноантичка порта, повлечена назад помеѓу две правоаголни кули. Доцноримска бања е лоцира во потегот Ташачица, простор кој дури и денес изобилува со големи количества вода, којашто во минатото била неопходна за нормално функционирање на римската бања. Делови од истовремена некропола се пронајдени и во источниот дел од комплексот. Со релативно намален интензитет, населбата продолжила да функционира и во рановизантискиот период, најверојатно до средината на 6 век. После нејзиното замирање, приматот во одржувањето на безбедноста во Северна Пелагонија го презеле тврдините во околината кои овозможувале директна контрола на премините и патиштата кои воделе во неа.
После незначителните траги од раниот среден век, користењето на овој простор е со сигурност потврдено во периодот од средината на 9 до крајот на 12 век, време од коешто потекнуваат голем број стамбени и производствени објекти и некрополи. Преку остатоците од протоурбана населба од разбиен тип датирана во времето од 9/10 до средината на 12 век, на грамадите на ридот Маркови Кули следиме исклучителни манифестации на органско единство помеѓу природните и културните содржини. Најбележитите манифестации од човечки активности во и надвор од населбата се станбено-производствените и фунерарните објекти поврзани со словено-византскиот културен круг, објекти чии долни делови се вкопани во карпа или земја.
Најзначајниот културно-цивилизациски подем на овој простор се случил во периодот на 13 и 14 век, кога на овој терен егзистира доцносредновековниот град Прилеп, еден од најзначајните воени, политички, културни и економски средишта на Балканот. Градот го сочинувале два основни структурални сегменти:
- утврдена акропола заградена со бедеми, кули, влезови, цистерни, палати и донжон,
- и отворено подградие – варош лоцирано врз падините и во подножјето на ридот каде се евидентирани палати, панагириште, работилници, феудални дворци и повеќе цркви.
Во рамките на подградието во овој период е потврдена егзистенцијата на 19 сакрални објекти од кои се сочувани црквите Св. Архангел Михаил, Св. Димитрија, Св. Никола, Св. Атанасиј, Св. Петар и Павле и Св. Богородица Пречиста, чијашто фрескодекорација се вбројува во антологијата на византиската уметност.
Помеѓу неколкуте десетици средновековни цркви засведочени на овој простор се издвојуваат неколкуте ремек дела на средновековната архитектура и уметност.
